遊戲的戰鬥系統採回合制，由我方四個怪獸輪流發動攻擊，而攻擊的操作方式就是玩家觸押畫面任一處，並朝著攻擊目標的反方向向後滑動，此時會出現箭頭，從箭頭延伸的長度大致可以看出發射的力道。
遊戲中造成敵人傷害的來源有兩種，一種是怪獸自身的衝撞攻擊，另一種是撞擊夥伴後產生的「友情 Combo」。
此外當怪獸頭像右下角的倒數冷卻時間歸零時，將會顯示出「OK」的字樣，這時只要點擊一下頭像就能啟動角色專有的必殺技。配上聲優熱血的配音，將彈珠擊發出去吧！
《怪物彈珠 》也採用了屬性相剋的元素，遊戲中有木、火、水、光、闇五種屬性，水剋火、火剋木、木剋水而光與闇屬性則是互相剋制。此外當隊伍裡同屬性怪獸增加時，該屬性的基礎攻擊值也會隨著增加。
除了屬性元素之外，最有趣的元素就是怪獸的「速度指數（スピード）」了，速度指數會反應在怪獸的衝刺持續力，速度快的怪獸可以製造更多的撞擊次數，若再搭配怪獸自身的加速系技能與畫面上的「加速鞋」，衝刺的持續力將再次提升。
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