世界之樹位於主場景右側中部，玩家30級後可以開啟該功能。
世界之樹是支撐整個世界的植物，世界之樹內有許多隱藏在陰影中的忍者，玩家可以通過擊敗他們來獲得他們攜帶的寶藏。玩家在點擊敵人時，可以觀察他們所出陣的忍者，並且對自己的忍者進行排兵佈陣。
世界之樹內共隱藏有15個不同的忍者，玩家必須由下至上按順序攻擊敵人，在敵人落荒而逃後，會留下一個帶有神秘寶藏的箱子，箱子內有一些珍貴的物品。而在擊敗敵人時，敵人還會掉落世界之樹的種子，世界之樹的種子可以用來兌換世界之樹內特有的靈魂石以及獎勵。積攢到一定數量之後就可以去兌換比較犀利的東西了。
在戰鬥中勝利後領取過獎勵之後，可以尋找並挑戰下一個忍者，當前出陣英雄的血量以及怒氣將會被記錄，在戰鬥時會以之前的血量和怒氣繼續參戰，如果在戰鬥中有英雄不幸死亡，則下一場戰鬥該英雄將無法繼續參戰。所以決定上陣英雄的是一個非常重要的步驟。
在每天的6點，玩家會獲得一個刷新次數，可以將世界之樹刷新，刷新後玩家可以重新從第一層開始挑戰世界之樹，如不刷新，則進入世界之樹後，會從上次戰鬥的位置繼續開始戰鬥。
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