超神學園的戰鬥是不可操作的回合制戰鬥。但是玩家可以選擇在戰鬥過程中跳過戰鬥。每場戰鬥都有攻守雙方兩方組成。每一方由一名主角，5名參戰隊員和3名替補隊員組成。在同一場戰鬥中，每一方出戰8個角色，5個角色為參戰角色，3個角色為替補角色。玩家所統領的角色之間按一定的順序彼此互相攻擊，當一方的角色全部死亡後，則另一方獲勝。
戰鬥規則
戰鬥的基本階段分為：戰前類技能釋放階段、回合戰鬥階段和戰爭科技釋放階段
戰前類技能釋放階段
很多卡牌擁有戰前釋放類技能，所謂戰前釋放就是在戰鬥開始後，在進入回合制的雙方角色互相攻擊之前，所有具有特殊技能的角色會直接釋放此類技能。但任意一個角色，在每場戰鬥最多只能觸發一個戰前技能，且只能觸發一次。戰前技能也可能有觸發概率，如果判斷沒有觸發，則直接跳過戰前技能釋放階段。戰前技能的釋放順序是從攻方1號位開始到防守方5號位結束，攻防雙方以此釋放。
戰鬥階段
進入戰鬥後，任何情況下，當一個角色受到一次攻擊後，其血量減少為0，則角色死亡。在角色死亡的瞬間，其相應位置的替補角色都會登場。如果替補角色也死亡，則該位置會為空。原則上每個位置的角色都會有一個出手機會。
替補出場階段：
當A位置的角色在出手之前就被擊殺了，則替補到A位置的角色仍舊在全部出戰角色行動結束後，擁有一次行動的機會。
如果有幾個替補角色在同一回合內登場，則仍舊會按照速度排序進行出手。而如果替補角色在出手前也被擊殺，則該位置不會有角色出手
戰爭科技釋放：
當玩家的任何一個夥伴在戰鬥中對對方角色產生過一次傷害，或者任何一個夥伴在戰鬥中受到了一次傷害，都會積累一些怒氣。（如果因為群體傷害導致多個角色同時收到傷害，則只計算一次怒氣增加）
當怒氣積累至100點後，且自己的戰爭科技不處於CD中，戰爭科技就會自動釋技能。而當戰爭科技釋放過後，該技能會進入CD，且玩家的怒氣值會清零。
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